RSV promoter: パッケージング細胞内で、ウイルスRNAの転写を駆動し、転写されたRNAは生きたウイルス内にパッケージングされます。
5' LTR-ΔU3: HIV-1 の5‘long terminal repeatの一部が欠失した配列です。野生型レンチウイルスの5’LTRと3’LTRのシークエンスは同じです。5' LTRと3' LTRは同方向でウイルスゲノムの両端に位置しています。ウイルス導入の際、3' LTRのシークエンスは5' LTRの上にコピーされます。野生型ウイルスでは、5' LTRはウイルスゲノムの転写を駆動するプロモーター、3' LTRは転写を終結させるためのポリA付加シグナルとして機能します。ベクタービルダーのレンチウイルスベクターΔ5' LTRは、ウイルス転写因子Tatによって促進される、LTRのプロモーター活性に必要な領域を欠失しています。プロモーター機能はΔ5' LTR上流に配置したRSVプロモーターによって代替されるため、この欠失がウイルスRNA産生に影響を与えることはありません。
Ψ: ウイルスRNAをウイルスにパッケージングするために必要なHIV-1パッケージングシグナルです。
RRE: HIV-1 Rev response element ウイルスパッゲージングにおいて、ウイルスRevタンパク質によるウイルスRNAの核外輸送を促進します。
cPPT: HIV-1 Central polypurine tract 標的細胞への感染において、ウイルスゲノムの核内輸送を促進します。 これにより、宿主ゲノムへの組み込みが向上し、高い導入効率が得られます。
U6/2xLacO: lacオペレーター配列の2つの繰り返しを含む改変ヒトU6 small nuclear 1プロモーター。 LacIの存在下でsmallRNAの発現を抑制するPolIIIプロモーター。
Sense, Antisense: これらの配列はターゲット配列に由来し、転写されてshRNAの「ヘアピン」構造のステム部分を形成します。
Loop: この最適化された配列は転写されて、shRNA「ヘアピン」構造のループ部分を形成します。
Terminator: shRNAの転写を終了します。
LacO: Lac operator. IPTGの非存在下では、lacリプレッサー(LacI)に結合し、上流のshRNAの転写抑制を引き起こします。 IPTGの存在下では、LacIはLacOに結合できなくなるため、上流のshRNAを転写します。
hPGK promoter: Human phosphoglycerate kinase 1 gene promoter. マーカー遺伝子のユビキタスな発現を駆動します
Regulatory protein: Lacリプレッサー(LacI)とT2Aリンカーによってリンクされた薬剤選択遺伝子(ピューロマイシン耐性遺伝子など)。細胞がLacIタンパク質を発現し、また薬剤に耐性を持つことを可能にします。 IPTGの非存在下では、LacIはLacOに結合して、下流の遺伝子または低分子RNAの転写を抑制します。 IPTGの存在下では、LacIはコンフォメーション変化を起こし、LacOに結合できなくなるため、下流の遺伝子や低分子RNAを転写することができます。
WPRE: Woodchuck hepatitis virus posttranscriptional regulatory element パッケージング細胞においてウイルスRNA安定化させ、ウイルス力価を向上させます。
3' LTR-ΔU3: U3領域を欠失したHIV-1の3 'ロングターミナルリピートの変異バージョン。これにより、ウイルスベクターが宿主ゲノムに組み込まれると、5'LTRのプロモーター活性が自己不活性化されます(ウイルス組み込み中に3'LTRが5'LTRにコピーされるため)。 ΔU3/ 3'LTRに含まれるポリアデニル化シグナルは、ウイルスのパッケージング中およびウイルスの宿主ゲノムへの組み込み後の両方で生成されたすべての上流転写物を終結させる働きをします。
SV40 early pA: Simian virus 40 early polyadenylation signal 初期ポリA付加シグナル。パッケージングにおいて、3’LTR以降のRNA転写を終結させます。パッケージング細胞でウイルスRNAの機能レベルを高め、ウイルス力価を向上させます。
Ampicillin: アンピシリン耐性遺伝子は、アンピシリンによってプラスミド導入大腸菌を選択します。
pUC ori: pUCの複製起点であるpUC oriが挿入されたプラスミドは、大腸菌において高コピー数で保持されます。