DNA二次構造

転写されたDNAの2次構造の予測はsiRNAデザインやクローニングの最適化など、様々な分子生物学的手法で重要です。シークエンスを以下にペーストすることで予測される2次構造のグラフィック表示が可能です。自由エネルギー最小化により、塩基対間の相互作用が決定され、形成可能なステムとループが強調されます。

DNA二次構造予測ツール DNA二次構造ミニ講座

RNA二次構造の形成

研究において、様々なレベルの組織の細胞成分の活性を調べることがある。核酸やタンパク質の一次構造は、それぞれヌクレオチドやアミノ酸の基本配列である。DNAの一次構造はATGCからなる配列となる。周辺配列との相互作用によって、DNA分子は低自由エネルギー状態の安定した二次構造をとります。DNA二次構造は相補的な2本のDNA鎖が非常に安定した状態な2重らせん構造をとることで生まれます。

転写反応によって合成されたRNAは一本鎖ヌクレオチドとなります。相補鎖が無いためにRNAは安定性にかけ、分子内で相補的なヌクレオチド(A-U, G-C, G-U)と水素結合を形成します。このことによってRNA様々な二次構造を形成します。

Single-stranded mRNA can fold on itself to form secondary structures.

図1. 一本鎖mRNAの分子内二次構造の形成。

RNAの二次構造はRNAの機能に大きな影響を与える。コーディング領域でもノンコーディング領域でも、RNA構造はその機能と制御に重要である。RNAの構造がわかれば、実験のデザインとトラブルシューティングに非常に役立つ。私たちの二次構造予測ツールはRNA配列から最も自由エネルギーの低い構造のイメージ図を算出してくれます。


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