シークエンスドットプロット

VectorBuilderのSequence Dot Plotツールを使用すると、2次元プロット比較で、2つのDNAまたはRNA配列間で類似性の高い領域を特定できます。比較される2種類のシークエンスは、2次元マトリックスの上部のX軸と左側のY軸に配置され、ドットは、両方のシークエンスが一致する座標を表しています。そのため、2種類の同一シークエンスのドットプロットは、マトリックスの中心にある1本の対角線を描きます。さらに、ドットプロットは、プラス鎖またはマイナス鎖の反復シークエンス、フレームシフト、逆位シークエンス、およびシークエンス中に複雑度の低い領域の特定に役立ちます。たとえば、プラス鎖反復を含むシークエンスをそれ自体と比較すると、シュークエンス内の反復領域を表す複数の対角線を含むドットプロットが描かれます。

ドットプロットを用いたシークエンス比較の主な制限は、バックグラウンドノイズの影響を受けやすいことです。特に相同性の高い長いシークエンスを比較する場合、類似領域の識別をプロットすることが困難になります。バックグラウンドノイズを減らすには、ウィンドウサイズとミスマッチリミットを設定することができます。これにより、ツールは設定されたウィンドウサイズ内の2種類のシークエンスを比較し、そのウィンドウ内で特定の数の一致が発生した場合にのみドットを割り当てることができます。

注: GenBank形式またはFASTA形式のシークエンスを使ってください。