shRNAターゲットデザイン

VectorBuilderのshRNAターゲットデザインツールを使用すると、ノックダウンスコアの高いショートヘアピンRNA(shRNA)をデザインして、目的の遺伝子(GOI)の効率的なノックダウンを実現できます。

VectorBuilderは、RNAiコンソーシアム(TRC)で使用されているものと同様のルールを適用して、shRNAをデザインおよびスコアリングします。与えられたRefSeqトランスクリプトごとに、候補ターゲットサイトと見なされるすべての可能な21merを検索します。同一塩基が4連続以上続く、7連続以上のGまたはC塩基、GC含量<25%または> 60%、5’末端がAAで始まることを避けるようにデザインします。ノックダウンスコアは、内部ステムループ、3 '末端に向かって高いGC含量、既知のmiRNAシード配列、または他の遺伝子とのオフターゲットの一致を含む候補に対してペナルティが課せられます。複数の転写産物(Alternative transcript)を持つ遺伝子の場合、すべての転写物を標的できるターゲットシークエンスに高いスコアが与えられます。

すべてのスコアは≥0で、平均は〜5、標準偏差は〜5、95%のスコアは≤15となっています。ノックダウンスコアが約15のshRNAは、ノックダウンパフォーマンスとクローニングのしやすさが最も優れていると見なされますが、ノックダウンスコアが0のshRNAは、ノックダウンパフォーマンスが最も低いか、クローニングが困難です。

注: GenBank形式またはFASTA形式のシークエンスを使ってください。ノックダウンスコアは大まかな目安にすぎないことに注意してください。実際のノックダウン効率は、スコアが予測するものから大幅に逸脱する可能性もあります。またスコアの低いターゲットサイトでも問題なく機能する可能性もあります。3'UTRをターゲットにすることは、コーディング領域をターゲットにすることと同じくらい効果的です。