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カスタムベクター構築サービス

VectorBuilderはカスタムベクター構築の受託サービスプロバイダーとして世界一の規模を誇り、それぞれの研究に必要なカスタムDNAベクターを作製いたします。当社のプラットフォームには最適化した約200種類のベクターバックボーンを用意しており、in vitroおよびin vivo(適用可能な場合)でその機能は検証済みです。VectorBuilderにベクタークローニングを外注していただくことは、多くの場合、自前で試薬や労働コストをかけるよりもコストパフォーマンスは高くなります。さらに、時間の節約にもなり、うまくいかなかった時のイライラも軽減されます。

当社の受託サービスラインナップでは、ベクター構築の関連サービスも充実させています。プラスミドDNA精製, ウイルスパッケージング, カスタムライブラリー構築, 安定細胞株の樹立, IVT RNA医薬品開発などです。

特長

Highly-intuitive platform

無料公開しているベクターデザインスタジオでは、ベクターデザインが容易で、機能的にも検証済みの豊富なベクターバックボーンやコンポーネントが使用可能

Modular lego-like  production workflow

“レゴのような”モジュール式の生産ワークフローにより、カスタムベクターの並列クローニングを効率的かつ確実に行うことができ、95%以上のベクターが推定作業期間内に完了

Extensive experience

豊富なクローニング技術と経験で、複雑なベクター構築まで柔軟に対応

Full ownership of customer s IP

カスタムベクターの知財はユーザーに帰属し、無料でベクターを保管

すぐに実験に使用できる既製品ベクター

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サービス内容

カスタムベクタークローニングサービスの概要とワークフロー
Workflow of Vector Cloning

*価格は遺伝子調達の方法、バックボーン、クローニング方法によって変動します。

価格と作業にかかる日数 プライスマッチ 

ベクターコンポーネントの80%以上(過去の生産データに基づく)は当社のコレクションから直接調達することができます。ゼロから(de novo合成)、またはお客様から提供された材料(ベクターバックボーンまたは遺伝子テンプレート)からベクターを作製することもできます。当社のカスタムベクタークローニングのワークフローには、お客様から提供された材料のQC(該当する場合)、ベクターコンポーネントおよびベクターバックボーンの調達、実際のベクタークローニング、および最終的なベクターのQCが含まれます。当社のカスタムクローニングサービスの価格と納期の概要を表1と表2に示します:

表 1. シンプルベクターのクローニング*

ベクターの種類 価格 (税・送料別) 作業日数(輸送日数は除く)
shRNAベクター 24,000円 4-7 日
gRNAベクター (single-gRNA) 24,000円 4-7 日
gRNAベクター (dual-gRNA) 51,000円 6-12日
発現ベクター 22,500円 3-6日

表 2. 新規遺伝子合成(De novo)

合成フラグメントの長さ 価格 (税・送料別) ** 作業日数(輸送日数は除く)
<1.5 kb 19.2円/bp 5-10日
1.5-3 kb 22.4円/bp 10-15日
3-5 kb 25.6円/bp 10-20日
5-8 kb 28.8円/bp

*シンプルベクターとは、VectorBuilderのストックにあるバックボーンやコンポーネントを使用して1ステップでクローニングが可能なベクターを指します。

**新規遺伝子合成において、GC含量が高い、単純な繰り返しが多い、セグメントの繰り返しがあるなど合成が難しい領域が含まれている場合は1bp当たりの費用が高くなる可能性があります。

納品形態

日本向け納品形態はTEに溶解したプラスミドDNAです:出荷前のサンガーシークエンシング検査の残りを無料提供しているため1.5-2.0μgと少量です。納品後すぐ実験に使える量の精製プラスミドDNAが必要な場合は、関連サービスよりミニ(>10μg), ミディ(>100μg), マキシ(>300μg), メガ(>1mg), ギガ(>10mg)プレップのプラスミド精製受託サービスの追加ご注文をお勧めいたします。

技術情報

品質管理検査(QC)について

VectorBuilderで受託構築したベクターはコンポーネントシークエンスの 100%マッチを確認して納品します。 次の表はカスタムベクタークローニングで行われるQC項目のリストです:

作製用マテリアル
ベクターバックボーン ベクターコンポーネント
VectorBuilderのストック
  • 制限酵素処理
  • 全長サンガーシークエンシング
ユーザー提供
  • 制限酵素処理
  • サンガーシークエンシング (オプション)
  • 全長サンガーシークエンシング
De novo合成 -
  • 全長サンガーシークエンシング
完成ベクター
  • 制限酵素処理
  • サンガーシークエンシング (実施はクローニング方法による)
  • NGS (オプション)
ユーザー提供のマテリアルについて

ユーザーご提供のベクターバックボーンやベクターコンポーネント(ORFやプロモーターなど)を使ったベクター構築をご依頼の場合は、お見積り作成時にご提供いただくプラスミドの情報をあらかじめ"サポート" > "マテリアルサブミッションフォーム"からサブミットしてください。マテリアルをご提供の際は、輸送時のダメージや遅れを避けるため、必ずマテリアルサブミッションガイドに沿って発送してください。ご提供されたマテリアルは全てVectorBuilderに到着後、QCの実施が必須となります。マテリアルの種類や使用方法によっては、1品目あたり~16,000円のQC費用が発生する場合があります。ご提供されたマテリアルがQCに合格するまで、生産は開始できませんのでご注意ください。

リソース

FAQ 関連書類 引用文献 お客様の声
FAQ
VectorBuilderがクローニングに使っているストラテジーは何ですか?

VectorBuilderでは様々な分子生物学技術を組み合わせて、ユーザーの要求を満足させるカスタムベクターを受託構築しています。発現ベクターは通常、Gateway cloningまたはGibson assemblyを使用して構築します。shRNAおよびgRNAベクターは、ライゲーションベースのアプローチを使用してクローニングされ、高度に最適化されたハイスループットクローニングプラットフォームを利用して、目的のベクターを最低価格および最短の作業日数で受託構築します。必要に応じてプロジェクトごとに新規遺伝子合成やGolden Gateクローニングなど、他の様々な方法を使用しています。

VectorBuilderがクローニングに使っている大腸菌株は何ですか?入手したプラスミドの増幅にはどの大腸菌株を使えばいいですか?

VectorBuilderでクローニングされるベクターの殆どが、当社で独自開発した大腸菌ホスト VB UltraStable™を使ってプラスミドDNAの増幅を行っています。この大腸菌の特長は、高い形質転換効率 (>1x109 cfu/ug) とリピートなどの多いインサートを持つプラスミドDNAも安定して増幅できる点です。そのため、当社で受託構築したプラスミドDNAの増幅には、VB UltraStable™コンピテントセルのご利用をお勧めいたします。プラスミドDNAの収量やベクターインサートの安定性に多少懸念は出るものの、通常研究室にあるDH5αやStbl3のコンピテントセルでもプラスミドの増幅が可能です。

プラスミド収量が低いのですがどうしたらいいですか?
プラスミドの複製起点が低コピーoriではないですか?

大腸菌の1細胞あたりのプラスミドコピー数は、プラスミドの複製起点によって決まります。複製起点によっては、性質上、低コピー数のタイプがあります。プラスミドの複製起点にどのoriが使われているか、低コピーoriかどうかを確認してください。低コピーoriをもつプラスミドの場合、十分なプラスミドDNA収量を得るためにはプラスミドDNA調製用の大腸菌培養量を増やしてください(例えば100mlを1Lにするなど)。

VectorBuilderで提供しているプラスミドの複製oriをチェックする

プラスミドDNA精製カラムに対して、容量以下の大腸菌カルチャーを使っている

プラスミドプレップカラムの結合容量と、プラスミドが高コピープラスミドか低コピープラスミドかを確認してください。ミニプレップの場合、1〜5mlのO/Nカルチャーをカラムに使ってください。マキシプレップの場合、高コピープラスミドの場合、100〜150mlのO/Nカルチャーを、低コピープラスミドの場合、300〜500mlのO/NカルチャーをプラスミドDNA精製に使用することをお勧めします。通常、高コピープラスミドの場合、ミニプレップでは培養液1mlごとに約5ugのプラスミドDNAを抽出でき、150mlの培養液から約500ugのプラスミドDNAを回収できます。低コピープラスミド(例:pET)の場合、ミニプレップで培養液1 mlごとに1.5〜2.5 ugのプラスミドDNA、培養液150 mlから150〜200ugのプラスミドDNAが回収できます。

選択薬剤が失活していて、プラスミドを持たない大腸菌がカルチャーの大部分を占めているのではないですか?

一部の抗生物質、特にアンピシリンは、液体培養で急速に失活します。その結果、プラスミドを持たない大腸菌がカルチャーの大部分を占め、全体としてのプラスミドの収量が低下している可能性があります。これを回避するために、液体培地のアンピシリンは使用直前に加えること、また新しく作成した液体培地を使う場合は、オートクレーブ後は十分に冷まして(少なくとも37度の培養温度)からアンピシリンなどの抗生物質を加えてください。また、アンピシリンなどの抗生物質のストック溶液もー20度で適切に保存されたものを使い、液体培養に適切な濃度で添加してください。アンピシリン耐性菌を培養する場合は、長時間の培養は避けてください。培養液中の抗生物質が失活してプラスミドを持たない大腸菌が増えてくることに加え、非常に長い培養後の大腸菌からプラスミドDNAを抽出すると、多くの大腸菌が死んでいるため、プラスミドDNAがすでに分解しています。適度な培養時間、温度、回転数で培養してください。O/N培養の目安は16時間以内です。もしプラスミド精製がすぐに開始できない場合、大腸菌カルチャーを遠心チューブに移してスピンダウンし、上清を捨て、ペレットにした状態で、-20°Cまたは-80°Cのフリーザーに保管し、後のプラスミドDNA精製に備えてください。

大腸菌グリセロールストックから直接液体培養を始めていませんか?

ベクタービルダーから納品された大腸菌のグリセロールストックまたはスタブから直接液体培養に持っていた場合、プラスミドDNAの収量が低くなる事例が報告されています。納品されたストックはまず適切な抗生物質を含んだLBプレートに線画培養し、O/Nで増殖した単一コロニーを複数ピックアップしてフレッシュな液体培養をスタートしてください。インストラクションは、リソース> ユーザーインストラクション > グリセロールストック よりダウンロードしてください。

プラスミド精製キットのインストラクションに沿って操作していますか?

プラスミド精製キットを使っている場合、使用前にユーザーマニュアルを読み、プロトコールの各ステップの目的を理解してください。キットを正しく使用していない場合、プラスミド収量と精製度が下がる可能性があります。

ミニ/マキシプレップに使うカラムの品質が高くない

プラスミドプレップカラムのメーカーによっては、プラスミドDNAの精製度と収量にばらつきがあります。

ユーザー提供のマテリアルに変異が入っている場合はどうなりますか?

当社のQC試験で同義変異(サイレント変異)が検出された場合、この変異が実験結果に影響する可能性は低いため、クローニングを進める上での承認を得るためにご連絡いたします。しかし、非同義変異(ミスセンス変異)が発見された場合は、クローニングやダウンストリームサービスを開始する前に、修正するための最善の方針についてご相談させていただきます。

関連書類
ユーザーインストラクション カタログとフライヤー 化学物質等安全データシート (MSDS) 品質検査証明書(COA)
主な引用文献

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