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生物種の略称

 “ベクター名称はどのように決定されますか?” で説明したように、個々の遺伝子単位のORFをデータベースから取り出すと、生物種の略称がORF名に組み込まれています。略称を次のテーブルに示します。

汎用生物種

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Human Homo sapiens 9606 h
Mouse Mus musculus 10090 m
Rat Rattus norvegicus 10116 r
African clawed frog Xenopus laevis 8355 xla_
Zebrafish Danio rerio 7955 dre_
Fruit fly Drosophila melanogaster 7227 dme_
N/A Caenorhabditis elegans 6239 cel_
Thale cress Arabidopsis thaliana 3702 ath_
Baker's yeast Saccharomyces cerevisiae S288c 559292 sce_
E. coli Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 511145 eco_

Mammals 哺乳類

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Bonobo Pan paniscus 9597 bn
Cat Felis catus 9685 ct
Chimpanzee Pan troglodytes 9598 ch
Cow Bos taurus 9913 cw
Crab-eating macaque Macaca fascicularis 9541 cm
Dog Canis lupus familiaris 9615 dg
Gibbon Nomascus leucogenys 61853 gi
Goat Capra hircus 9925 gt
Guinea pig Cavia porcellus 10141 gp
Hamster Mesocricetus auratus 10036 ha
Horse Equus caballus 9796 ho
Human Homo sapiens 9606 h
Marmoset Callithrix jacchus 9483 cja_
Mouse Mus musculus 10090 m
Mouse lemur Microcebus murinus 30608 ml
Opossum Monodelphis domestica 13616 mdo_
Orangutan Pongo abelii 9601 or
Panda Ailuropoda melanoleuca 9646 pd
Pig Sus scrofa 9823 pg
Platypus Ornithorhynchus anatinus 9258 oan_
Rabbit Oryctolagus cuniculus 9986 ra
Rat Rattus norvegicus 10116 r
Rhesus macaque Macaca mulatta 9544 rm
Sheep Ovis aries 9940 sh
Western gorilla 9593 go

Birds 鳥類

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Chicken Gallus gallus 9031 gga_
Zebra finch Taeniopygia guttata 59729 tgu_

Reptiles 爬虫類

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Anole lizard Anolis carolinensis 28377 aca_

Amphibians 両生類

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
African clawed frog Xenopus laevis 8355 xla_
Western clawed frog Xenopus tropicalis 8364 xtr_

Fish 魚類

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Cave fish Astyanax mexicanus 7994 ame_
Fugu Takifugu rubripes 31033 tru_
Medaka Oryzias latipes 8090 ola_
Mummichog Fundulus heteroclitus 8078 fhe_
Turquoise killifish Nothobranchius furzeri 105023 nfu_
Zebrafish Danio rerio 7955 dre_

Tunicates ホヤ

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Vase tunicate Ciona intestinalis 7719 cin_

Insects 昆虫

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Fruit fly Drosophila melanogaster 7227 dme_
Mosquito Anopheles gambiae str. PEST 180454 aga_
Silk worm Bombyx mori 7091 bmo_

Nematodes 線形動物

一般名称 学名 分類ID VectorBuilder略称
N/A Caenorhabditis briggsae 6238 cbr_
N/A Caenorhabditis elegans 6239 cel_

Hydrozoa ヒドロ虫綱

一般名称 学名 分類ID VectorBuilder略称
Fresh-water polyp Hydra vulgaris 6087 hvu_

Protozoa 原生動物

一般名称 学名 分類ID VectorBuilder略称
Amoeba Dictyostelium discoideum AX4 352472 ddi_
N/A Plasmodium falciparum 3D7 36329 pfa_
N/A Tetrahymena thermophila SB210 312017 tth_

Plants 植物

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Maize Zea mays 4577 zma_
Potato Solanum tuberosum 4113 stu_
Rice Oryza sativa 39947 osa_
Soybean Glycine max 3847 gma_
Spreading earthmoss Physcomitrella patens 3218 ppa_
Thale cress Arabidopsis thaliana 3702 ath_
Tobacco Nicotiana tabacum 4097 nta_
Tomato Solanum lycopersicum 4081 sly_
Wheat Triticum aestivum 4565 tae_

Algae 藻類

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
N/A Emiliania huxleyi CCMP1516 280463 ehu_
Green alga Chlamydomonas reinhardtii 3055 cre_

Fungi/yeast 真菌/酵母

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
Baker's yeast Saccharomyces cerevisiae S288c 559292 sce_
N/A Candida albicans SC5314 237561 cal_
Fission yeast Schizosaccharomyces pombe 4896 spo_
N/A Neurospora crassa OR74A 367110 ncr_

Bacteria 細菌

一般名称 学名 動物分類ID VectorBuilder略称
N/A Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 224308 bsu_
N/A Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 511145 eco_
N/A Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842 = JCM 1002 390333 lde_
N/A Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 395492 rle_
N/A Streptococcus thermophilus JIM 8232 1051074 sth_
N/A Streptomyces coelicolor A3(2) 100226 sco_
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