“ベクター名称はどのように決定されますか？” で説明したように、個々の遺伝子単位のORFをデータベースから取り出すと、生物種の略称がORF名に組み込まれています。略称を次のテーブルに示します。
頻出種
| 一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Human |
Homo sapiens |
9606 |
h |
| Mouse |
Mus musculus |
10090 |
m |
| Rat |
Rattus norvegicus |
10116 |
r |
哺乳類
| 一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Alpaca |
Vicugna pacos |
30538 |
vpa_ |
| Armadillo |
Dasypus novemcinctus |
9361 |
dno_ |
| Bushbaby |
Otolemur garnettii |
30611 |
oga_ |
| Cat |
Felis catus |
9685 |
ct |
| Chimpanzee |
Pan troglodytes |
9598 |
ch |
| Cow |
Bos taurus |
9913 |
cw |
| Dog |
Canis lupus familiaris |
9615 |
dg |
| Dolphin |
Tursiops truncatus |
9739 |
ttr_ |
| Elephant |
Loxodonta africana |
9785 |
laf_ |
| Ferret |
Mustela putorius furo |
9669 |
mpu_ |
| Gibbon |
Nomascus leucogenys |
61853 |
gi |
| Gorilla |
Gorilla gorilla gorilla |
9595 |
go |
| Guinea pig |
Cavia porcellus |
10141 |
cpo_ |
| Hedgehog |
Erinaceus europaeus |
9365 |
eeu_ |
| Horse |
Equus caballus |
9796 |
ho |
| Hyrax |
Procavia capensis |
9813 |
pca_ |
| Kangaroo rat |
Dipodomys ordii |
10020 |
dor_ |
| Lesser hedgehog tenrec |
Echinops telfairi |
9371 |
ete_ |
| Macaque |
Macaca mulatta |
9544 |
ma |
| Marmoset |
Callithrix jacchus |
9483 |
cja_ |
| Megabat |
Pteropus vampyrus |
132908 |
pva_ |
| Microbat |
Myotis lucifugus |
59463 |
mlu_ |
| Mouse lemur |
Microcebus murinus |
30608 |
mmu_ |
| Olive baboon |
Papio anubis |
9555 |
pan_ |
| Opossum |
Monodelphis domestica |
13616 |
mdo_ |
| Orangutan |
Pongo abelii |
9601 |
or |
| Panda |
Ailuropoda melanoleuca |
9646 |
pd |
| Pig |
Sus scrofa |
9823 |
pg |
| Pika |
Ochotona princeps |
9978 |
opr_ |
| Rabbit |
Oryctolagus cuniculus |
9986 |
ra |
| Platypus |
Ornithorhynchus anatinus |
9258 |
oan_ |
| Sheep |
Ovis aries |
9940 |
sh |
| Shrew |
Sorex araneus |
42254 |
sar_ |
| Sloth |
Choloepus hoffmanni |
9358 |
cho_ |
| Squirrel |
Ictidomys tridecemlineatus |
43179 |
sq |
| Tasmanian devil |
Sarcophilus harrisii |
9305 |
sha_ |
| Tree shrew |
Tupaia belangeri |
37347 |
tbe_ |
| Vervet |
Chlorocebus sabaeus |
60711 |
ve |
| Wallaby |
Macropus eugenii |
9315 |
meu_ |
鳥類
| 一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Chicken |
Gallus gallus |
9031 |
gga_ |
| Duck |
Anas platyrhynchos |
8839 |
apl_ |
| Flycatcher |
Ficedula albicollis |
59894 |
fal_ |
| Turkey |
Meleagris gallopavo |
9103 |
mga_ |
| Zebra finch |
Taeniopygia guttata |
59729 |
tgu_ |
爬虫類
| 一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Anole lizard |
Anolis carolinensis |
28377 |
aca_ |
| Chinese softshell turtle |
Pelodiscus sinensis |
13735 |
psi_ |
| Amazon molly |
Poecilia formosa |
48698 |
pfo_ |
両生類
| 一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Western clawed frog |
Xenopus tropicalis |
8364 |
xtr_ |
魚類
| 一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Cave fish |
Astyanax mexicanus |
7994 |
ame_ |
| Cod |
Gadus morhua |
8049 |
gmo_ |
| Coelacanth |
Latimeria chalumnae |
7897 |
lch_ |
| Fugu |
Takifugu rubripes |
31033 |
tru_ |
| Lamprey |
Petromyzon marinus |
7757 |
pma_ |
| Medaka |
Oryzias latipes |
8090 |
ola_ |
| Platyfish |
Xiphophorus maculatus |
8083 |
xma_ |
| Spotted gar |
Lepisosteus oculatus |
7918 |
loc_ |
| Stickleback |
Gasterosteus aculeatus |
69293 |
gac_ |
| Tetraodon |
Tetraodon nigroviridis |
99883 |
tni_ |
| Tilapia |
Oreochromis niloticus |
8128 |
oni_ |
| Zebrafish |
Danio rerio |
7955 |
dre_ |
ホヤ
| 一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Solitary sea squirt |
Ciona savignyi |
51511 |
csa_ |
| Vase tunicate |
Ciona intestinalis |
7719 |
cin_ |
昆虫
| 一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Fruitfly |
Drosophila melanogaster |
7227 |
dme_ |
植物
| 一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Rice |
Oryza sativa |
4530 |
osa_ |
| Thale cress |
Arabidopsis thaliana |
3702 |
ath_ |
酵母
| 一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Baker's yeast |
Saccharomyces cerevisiae |
4932 |
sce_ |
| Fission yeast |
Schizosaccharomyces pombe |
4896 |
spo_ |
バクテリア
| 一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
| Bacillus |
Bacillus subtilis |
1423 |
bsu_ |
| E. coli |
Escherichia coli |
562 |
eco_ |
