“ベクター名称はどのように決定されますか?” で説明したように、個々の遺伝子単位のORFをデータベースから取り出すと、生物種の略称がORF名に組み込まれています。略称を次のテーブルに示します。
汎用生物種
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Human |
Homo sapiens |
9606 |
h |
Mouse |
Mus musculus |
10090 |
m |
Rat |
Rattus norvegicus |
10116 |
r |
African clawed frog |
Xenopus laevis |
8355 |
xla_ |
Zebrafish |
Danio rerio |
7955 |
dre_ |
Fruit fly |
Drosophila melanogaster |
7227 |
dme_ |
N/A |
Caenorhabditis elegans |
6239 |
cel_ |
Thale cress |
Arabidopsis thaliana |
3702 |
ath_ |
Baker's yeast |
Saccharomyces cerevisiae S288c |
559292 |
sce_ |
E. coli |
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 |
511145 |
eco_ |
Mammals 哺乳類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Bonobo |
Pan paniscus |
9597 |
bn |
Cat |
Felis catus |
9685 |
ct |
Chimpanzee |
Pan troglodytes |
9598 |
ch |
Cow |
Bos taurus |
9913 |
cw |
Crab-eating macaque |
Macaca fascicularis |
9541 |
cm |
Dog |
Canis lupus familiaris |
9615 |
dg |
Gibbon |
Nomascus leucogenys |
61853 |
gi |
Goat |
Capra hircus |
9925 |
gt |
Guinea pig |
Cavia porcellus |
10141 |
gp |
Hamster |
Mesocricetus auratus |
10036 |
ha |
Horse |
Equus caballus |
9796 |
ho |
Human |
Homo sapiens |
9606 |
h |
Marmoset |
Callithrix jacchus |
9483 |
cja_ |
Mouse |
Mus musculus |
10090 |
m |
Mouse lemur |
Microcebus murinus |
30608 |
ml |
Opossum |
Monodelphis domestica |
13616 |
mdo_ |
Orangutan |
Pongo abelii |
9601 |
or |
Panda |
Ailuropoda melanoleuca |
9646 |
pd |
Pig |
Sus scrofa |
9823 |
pg |
Platypus |
Ornithorhynchus anatinus |
9258 |
oan_ |
Rabbit |
Oryctolagus cuniculus |
9986 |
ra |
Rat |
Rattus norvegicus |
10116 |
r |
Rhesus macaque |
Macaca mulatta |
9544 |
rm |
Sheep |
Ovis aries |
9940 |
sh |
Western gorilla |
|
9593 |
go |
Birds 鳥類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Chicken |
Gallus gallus |
9031 |
gga_ |
Zebra finch |
Taeniopygia guttata |
59729 |
tgu_ |
Reptiles 爬虫類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Anole lizard |
Anolis carolinensis |
28377 |
aca_ |
Amphibians 両生類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
African clawed frog |
Xenopus laevis |
8355 |
xla_ |
Western clawed frog |
Xenopus tropicalis |
8364 |
xtr_ |
Fish 魚類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Cave fish |
Astyanax mexicanus |
7994 |
ame_ |
Fugu |
Takifugu rubripes |
31033 |
tru_ |
Medaka |
Oryzias latipes |
8090 |
ola_ |
Mummichog |
Fundulus heteroclitus |
8078 |
fhe_ |
Turquoise killifish |
Nothobranchius furzeri |
105023 |
nfu_ |
Zebrafish |
Danio rerio |
7955 |
dre_ |
Tunicates ホヤ
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Vase tunicate |
Ciona intestinalis |
7719 |
cin_ |
Insects 昆虫
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Fruit fly |
Drosophila melanogaster |
7227 |
dme_ |
Mosquito |
Anopheles gambiae str. PEST |
180454 |
aga_ |
Silk worm |
Bombyx mori |
7091 |
bmo_ |
Nematodes 線形動物
一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
N/A |
Caenorhabditis briggsae |
6238 |
cbr_ |
N/A |
Caenorhabditis elegans |
6239 |
cel_ |
Hydrozoa ヒドロ虫綱
一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
Fresh-water polyp |
Hydra vulgaris |
6087 |
hvu_ |
Protozoa 原生動物
一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
Amoeba |
Dictyostelium discoideum AX4 |
352472 |
ddi_ |
N/A |
Plasmodium falciparum 3D7 |
36329 |
pfa_ |
N/A |
Tetrahymena thermophila SB210 |
312017 |
tth_ |
Plants 植物
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Maize |
Zea mays |
4577 |
zma_ |
Potato |
Solanum tuberosum |
4113 |
stu_ |
Rice |
Oryza sativa |
39947 |
osa_ |
Soybean |
Glycine max |
3847 |
gma_ |
Spreading earthmoss |
Physcomitrella patens |
3218 |
ppa_ |
Thale cress |
Arabidopsis thaliana |
3702 |
ath_ |
Tobacco |
Nicotiana tabacum |
4097 |
nta_ |
Tomato |
Solanum lycopersicum |
4081 |
sly_ |
Wheat |
Triticum aestivum |
4565 |
tae_ |
Algae 藻類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
N/A |
Emiliania huxleyi CCMP1516 |
280463 |
ehu_ |
Green alga |
Chlamydomonas reinhardtii |
3055 |
cre_ |
Fungi/yeast 真菌/酵母
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Baker's yeast |
Saccharomyces cerevisiae S288c |
559292 |
sce_ |
N/A |
Candida albicans SC5314 |
237561 |
cal_ |
Fission yeast |
Schizosaccharomyces pombe |
4896 |
spo_ |
N/A |
Neurospora crassa OR74A |
367110 |
ncr_ |
Bacteria 細菌
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
N/A |
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 |
224308 |
bsu_ |
N/A |
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 |
511145 |
eco_ |
N/A |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842 = JCM 1002 |
390333 |
lde_ |
N/A |
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 |
395492 |
rle_ |
N/A |
Streptococcus thermophilus JIM 8232 |
1051074 |
sth_ |
N/A |
Streptomyces coelicolor A3(2) |
100226 |
sco_ |