オンラインベクターデザイン

VectorBuilderで受託構築されるプラスミドベクターには、独自のベクターIDが割り当てられます。このIDを、メニューバーのベクターデザイン＞  ベクター情報を取り出す に入力するとそのベクターに関する完全な情報を当社のデータベースから取り出してベクターデザインの詳細を確認することができます。このベクターIDを論文のMaterials and Methodsに記入することで、簡単にベクター情報を引用することができます。

全てのベクターIDは “VB”から始まります。ID化のルールを次に示します.

Vector ID: VB160903-1018vur

このベクターの解釈方法:

160903:このベクターがデザインされた年月日 (年月日)、2016年9月3日

1018:ベクターのシリアル番号

vur: ランダムな3桁のアルファベット

ベクターデザインに使用されたベクターコンポーネント (例. プロモーター、ORF) は殆どの場合、自動的にベクター名称に追加されます。コンポーネント名は自動的に羅列されて最終的なベクター名称となります。 ベクター名称決定ルールを次に示します。

ベクターコンポーネントの決定ルール (例 プロモーター、ORF、リンカーなど )

• VectorBuilderのポピュラーコンポーネント :コンポーネントの一般名が使用されます。
  例: CMV, EGFP, Neo

• ORFなどVectorBuilderの遺伝子データベースからダウンロードされたコンポーネント: 遺伝子シンボルで表示されるORF名に続き[ RefSeq accession](または RefSeqが定められていない場合は、生物種のgene ID )。生物種名は以下のルールに従って小文字で遺伝子記号の前に追加します::

  • ヒト、マウス、およびラットは、それぞれ”h”, “m”, および“r”と 1文字で略称を表記します
  • その他の主要生物種は2文字で略称を表記します。例えば、catは”ct”、chimpanzeeは”ch”、またdogは”dg”になります
  • その他の生物種は3文字で学名の略称を表記し、その後ろに下線を付けます。略称の最初の文字は属名の最初の文字、略称の2番目と3番目の文字は、種名の最初の2文字を表記します。例えば、Drosophila melanogaster は “dme_”になります
  NCBI RefSeqコレクションORFの例:hRHO[NM_000539.3]
  VectorBuilderコレクション ORFの例: mRho[ORF032112]
  Drosophila melanogaster NCBI RefSeqコレクションORFの例:dme_w[NM_057439.2]
  NCBI のE.coliコレクションの例: eco_nhaA[944758]

• ユーザー独自シークエンスの場合: シークエンス提供時に名称をお知らせください。ユーザー提供の名称は中括弧内に表記されます。ユーザー提供のシークエンスがVectorBuilderのコンポーネント配列と100％同一であった場合、ユーザーよりお知らせいただいた名称は自動的に公式名称に変更されます。
  ユーザー独自シークエンスの例: {MyGene}

• ユーザーによるシークエンス変更がなされたVectorBuilderデータベースORF: ORFが変異導入目的でユーザーにより編集されたものであることを示すため、アスタリスクマーク(*)がORF名の次に追加されます。ユーザーはこの名称を引き続き使用することもできますが、異なる名称に変更することもできます。名称変更を選択した場合、ユーザーによって変更されたことを示すために中括弧が追加されます。なお“タグをつける”の操作でエピトープタグをつけた場合は、変異とみなされません。
  VectorBuilderデータベースORFに変異導入を行った場合の例: hRHO[NM_000539.3]* が自動付与 {MyGene}など、ユーザーが独自名に変更することも可能。

ベクター名称の決定方法

• 全てのベクター名称は“ｐ”の文字から始まります
• ベクターバックボーンの略称は“ｐ”の文字以降に続きます。一般的なバックボーンの例を以下に示します:
  RP: Regular plasmid
  LV: Lentivirus
  MMLV: MMLV retrovirus
  AV: Adenovirus
  AAV: Adeno-associated virus
  PB: PiggyBac transposon
  Tol2: Tol2 transposon
  ET, BAD or CS: 様々なバクテリアでの発現ベクター
  SC: Saccharomyces cerevisiae
  BV: Baculovirus
• 使用用途の略称は、ベクターバックボーンの略称の後に角括弧で表示されます。一般的な使用用途の例を以下に示します:
  Exp: 遺伝子発現ベクター
  shRNA: shRNA発現ベクター（ノックダウン）
  gRNA: gRNA発現ベクター （ CRISPRシステム）
  En: エンハンサー活性測定用ベクター

ベクター名称のルール

ベクター名称: pLV[Exp]-Exp-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA

解読方法:

LV: レンチウイルスベクターバックボーン

Exp: 哺乳類遺伝子発現用途

Hygro: マーカー遺伝子がhygromycin B耐性遺伝子

CMV: 目的遺伝子発現をドライブするプロモーターがCMV

FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA
:タグ付けされた遺伝子hRHO[NM_000539.3]とEGFPがIRESを挟んでポリシストロニックに配置されている
N末ORFは、5’-FLAG tag-hRHO[NM_000539.3]ORF-10xHis tag-3'
C末ORFは、5’-3ｘNLS-EGFP ORF-HA tag-3'
です。
hRHO[NM_000539.3]の右肩に、*がついているため、ユーザーがORFのシークエンスに変異を導入しています。

VectorBuilder ではベクター構築に関わる全ての関連情報をコミュニティーに公開しようと心がけています。 VectorBuilderのポータルにリストされているベクターシステムやベクターコンポーネントについて、包括的な教育支援情報はメニューバーの ”リソース”からプルダウンされるインストラクション からご覧になれます。ここからご覧になれる情報は:

ベクターシステムの解説: このページでは、VectorBuilderで利用可能なすべてのベクターシステムについて説明します

ベクターコンポーネントの解説: このページでは、VectorBuilderが提供するすべての一般的なベクターコンポーネントについて説明します

VectorBuilderは、シークエンスアラインメント、shRNAターゲット設計、gRNAオフターゲット分析など、ベクターの設計と分析を支援する多くのバイオインフォマティクスツールも無償で提供します。これらのツールは、ホームページのメニューバーの[ 解析ツール ]のプルダウンメニューからアクセスできます。

VectorBuilderのデザインスタジオを使ってデザインされたベクターは、”ベクター情報”の”下側からシークエンスデータをFASTA, GenBankフォーマットでダウンロードができるようになっています。さらにベクターの制限酵素サイト検索や様々な解析には、SnapGeneフォーマットでベクターシークエンスをダウンロードし、フリーソフトのSnapGene Viewerをダウンロードしていただければ制限酵素サイトの検索などにお使いいただけます。

VectorBuilderでは、個々のベクターのオリジナルな品質結果のご提供や、出荷前QCの一環として行われているサンガーシークエンスデータの提供は行っておりません。VectorBuilderは製造部門で作製されたベクターの品質に自信を持っています。ご注文されたベクターのシークエンスは１００％ユーザーがデザインしたベクターのシークエンスであることを保証します。万が一、矛盾が生じた場合は至急対応して問題解決を行います。

VectorBuilderが作製したベクターを使用した研究が論文として出版されるときには、論文内にベクターID、ベクター名とベクターの解説をを記載してください。ベクターIDを使えばVectorBuilderからベクターの情報を引き出すことが出来ます。またVectorBuilder提供のサービスを利用した場合も論文に記載をお願いします。

引用例を次に示します:

"The lentiviral vector used to overexpress EGFP in our study, pLV[Exp]-Puro-EF1A>EGFP, was constructed and packaged by VectorBuilder Inc. (Chicago, IL, USA). The vector ID is VB160903-1018vur, which can be used to retrieve detailed information about the vector on vectorbuilder.com."

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