コドン最適化

コドンとは、DNAまたはRNA配列情報に対応するアミノ酸を指定する遺伝暗号で、タンパク質合成において重要な役割を果たします。

同じアミノ酸が複数のコドンによって指定されている場合もあり、生物種によってある特定のコドンを優先的に使用するアミノ酸があります。コドン使用頻度に生物種間の偏りがある理由は不明ですが、コドン選択はタンパク質の発現に大きな影響を及ぼします。そのため、分子生物学研究では組換えタンパク質の最適な発現レベルを達成するために、これらの生物間のコドンバイアスに基づいて遺伝子配列を最適化することが実験成功の秘訣です。特に、ある生物に由来する目的遺伝子を、その遺伝子をもたない宿主生物で発現させる場合、重宝されるツールです。

VectorBuilderのコドン最適化ツールは、選択した任意の生物で目的遺伝子(GOI)に最適なコドン適応指数(CAI)を達成できるように設計されています。このツールには、種の包括的なリストが含まれており、オンラインのベクターデザインプラットフォームにシームレスに組み込まれているため、ベクターのデザイン中にGOIの最適化を行えます。さらに、目的シークエンスをコドン最適化し、かつ特定の制限酵素の切断部位を非切断シークエンスに変更することも可能です。またVectorBuilderのコドン最適化ツールは、極端に高GC含量や単純な繰り返しを伴う配列を最適化し、遺伝子合成やクローニング作業が困難なく成功するようにシークエンスの再改良にも使えます。

注: GenBank形式またはFASTA形式のシークエンスを使ってください。