GC含有率計算

クローニングのテンプレートとなるDNAフラグメントのGC含量は、クローニングの成功を左右する要素の一つです。フラグメントのGC含量が高い場合、フラグメントのセルフダイマーや二次構造を形成する可能性が高く、PCRベースのクローニングの場合、高いアニーリング温度を必要とするなど、プライマー設計が制限されることがよくあります。特にPCRベースのクローニングアプローチの場合は、目的のクローニングに最適な戦略をたてる際に、フラグメントのGC含量を考慮するとよいでしょう。

VectorBuilderのGC含有率計算ツールを使用すると、入力した配列全体のGC含量だけでなく、特定の領域を特定できます。 DNAまたはRNAシークエンスを入力すると、この計算ツールはシークエンス内の各種塩基数とそのパーセンテージを計算します。さらに、この計算ツールのウィンドウサイズを設定すると、設定したシークエンスのGC含量の計算ができるため、シーケンス内のGCリッチ領域を特定するのに役立ちます。