インストラクション
-
ベクターガイド -
ベクターアカデミー -
ビデオギャラリー -
ベクターQ&A
ベクターに使われているコンポーネント(例えば プロモーターやORFなど) は、ほとんどの場合、自動的に名前が割り当てられます。VectorBuilder ポータルではこれらのコンポーネント名は、最終ベクター名称に自動的にアッセンブルされます。ベクター名称の決定のルールを下にご紹介します。
コンポーネント (プロモーター、 ORF、 リンカーなど)の名称
VectorBuilderが所有する一般的なコンポーネントの場合:通称が使われます
例: CMV, EGFP, Neo
ORFなどVectorBuilderの遺伝子データベースからダウンロードされたコンポーネントの場合:遺伝子記号+ [RefSeq accession番号またはGene ID].
生物種名は、以下のルールに従い、小文字で遺伝子記号の前に追加します。
ユーザー独自シークエンスの場合: シークエンス提供時に名称をお知らせください。ユーザー提供の名称は中括弧内に表記されます。ユーザー提供のシークエンスがベクタービルダーのコンポーネント配列と100%同一であった場合、ユーザーよりお知らせいただいた名称は自動的に公式名称に変更されますのでご了承下さい。
例 ユーザー独自シークエンス :{MyGene}
ユーザーによるシークエンス変更がなされたVectorBuilderデータベースORF: ORFが変異導入目的でユーザーにより編集されたものであることを示すため、アスタリスクマーク(*)がORF名の次に追加されます。ユーザーはこの名称を引き続き使用することもできますが、異なる名称に変更することもできます。名称変更を選択した場合、ユーザーによって変更されたことを示すために中括弧が追加されます。なお“タグをつける”の操作でエピトープタグをつけた場合は、変異とみなされません。ご了承下さい。
例 VectorBuilderデータベースORFに変異導入:hRHO[NM_000539.3]* が自動付与{MyGene}など、ユーザーが独自名に変更することも可能
自動付与された名称の変更について
一貫性を維持するため、基本的にユーザーは自動付与されたコンポーネントの名称を変更することはできません。例外として、以下の条件に該当する場合、その名称を変更することができます:
ベクター名称
ベクター名称例
ベクター名称: pLV[Exp]-Hygro-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA
解釈方法:
LV: レンチウイルスベクターバックボーン
Exp: 目的遺伝子を発現させるベクター
Hygro: hygromycin B 耐性遺伝子を選択マーカーとして搭載している
CMV: CMVプロモーターの制御下で目的遺伝子を発現させる
FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA: タグ付けされた遺伝子hRHO[NM_000539.3]とEGFPがIRESを挟んでポリシストロニックに配置されている
N末ORFは、5’-FLAG tag-hRHO[NM_000539.3]ORF-10xHis tag-3'
C末ORFは、5’-3xNLS-EGFP ORF-HA tag-3'
です。
hRHO[NM_000539.3]の右肩に、*がついているため、ユーザーがORFのシークエンスに変異を導入しています。