アデノ随伴ウイルスshRNAノックダウンベクター

概要

当社のアデノ随伴ウイルス（AAV）shRNAノックダウンベクターシステムはin vivoとin vitro条件で広範な哺乳類細胞タイプに対して安定した標的遺伝子のノックダウンを実現します。AAVは抗原性と細胞毒性が低いために多くの動物実験に適しています。

AAV shRNAベクターはE.coliのプラスミドとして作製されています。ベクターがヘルパープラスミドと共にパッケージング細胞に導入されると、ITRのあいだのshRNA発現カセットとウイルスゲノムがウイルスとしてパッケージングされます。shRNAはヒトU6プロモーターから発現され、標的遺伝子mRNAを分解します。

AAVが標的細胞に感染すると線状一本鎖DNAゲノムが細胞内に導入されます。その後、宿主のDNAポリメラーゼ機構によって二本鎖DNAに変換されたのちに核内で連結した（コンカテマー）エピソームDNAとして維持されます。エピソームDNAは宿主ゲノム内で複製されないので、AAVゲノムは非増殖細胞では宿主細胞内で維持されますが、増殖細胞では細胞分裂によって希釈されて最終的には消失します。AAVゲノムが宿主ゲノムに挿入されることは非常に稀です。それゆえベクターの挿入によって細胞が癌化する懸念がないのでAAVベクターは遺伝子治療などの用途に適しています。

AVVは複製不能でヒトに対して炎症反応などの疾患の原因にほとんどならないために、バイオセーフティレベル1の施設で扱うことができ、非常に実用性が高いシステムです。

自然界から単離された複数のAAV株は、ウイルス表面のカプシドタンパク質の抗原性に基づいた血清型で分類できます。血清型によってウイルスの親和性（感染の組織特異性）が変わります。AAVベクターをパッケージングする際には異なるカプシドタンパク質を選択することでウイルスの血清型を変更することができます。クローニングの際、特異性に影響を与えないためにこの分野では一般的であるAAV2由来のITRが使用されています。パッケージング用のヘルパープラスミドにはRep/Capプラスミドがあり、AAV2由来の複製遺伝子と選択した血清型のカプシドタンパク質を含み、指向性を決定します。AAVの血清型と組織親和性の対応については下記の表をご覧ください。

セロタイプ別

組織別

Serotype	Tissue tropism
AAV1	平滑筋, 骨格筋, 中枢神経系, 脳, 肺, 網膜, 内耳, 膵臓, 心臓, 肝臓
AAV2	平滑筋, 中枢神経系, 脳, 肝臓, 膵臓, 腎臓, 網膜, 内耳, 精巣
AAV3	平滑筋, 肝臓, 肺
AAV4	中枢神経系, 網膜, 肺, 腎臓, 心臓
AAV5	平滑筋, 中枢神経系, 脳, 肺, 網膜, 心臓
AAV6	平滑筋, 心臓, 肺, 膵臓, 脂肪, 肝臓
AAV6.2	肺, 肝臓, 内耳
AAV7	平滑筋, 網膜, 中枢神経系, 脳, 肝臓
AAV8	平滑筋, 中枢神経系, 脳, 網膜, 内耳, 肝臓, 膵臓, 心臓, 腎臓, 脂肪
AAV9	平滑筋, 骨格筋, 肺, 肝臓, 心臓, 膵臓, 中枢神経系, 網膜, 内耳, 精巣, 肝臓, 脂肪
AAVrh10	平滑筋, 肺, 肝臓, 心臓, 膵臓, 中枢神経系, 網膜, 腎臓
AAV-DJ	肝臓, 心臓, 腎臓, 脾臓
AAV-DJ/8	肝臓, 脳, 腎臓, 脾臓
AAV-PHP.eB	中枢神経系
AAV-PHP.S	末梢神経系
AAV2-retro	脊髄神経
AAV2-QuadYF	内皮細胞, 網膜
AAV2.7m8	網膜, 内耳

Tissue type	Recommended AAV serotypes
平滑筋	AAV1, AAV2, AAV3, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAVrh10
骨格筋	AAV1, AAV9
中枢神経系	AAV1, AAV2, AAV4, AAV5, AAV7, AAV8, AAV9, AAVrh10, AAV-PHP.eB
末梢神経系	AAV-PHP.S
脳	AAV1, AAV2, AAV5, AAV7, AAV8, AAV-DJ/8
網膜	AAV1, AAV2, AAV4, AAV5, AAV7, AAV8, AAV9, AAVrh10, AAV2-QuadYF, AAV2.7m8
内耳	AAV1, AAV2, AAV6.2, AAV8, AAV9, AAV2.7m8
肺	AAV1, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV6.2, AAV9, AAVrh10
肝臓	AAV1, AAV2, AAV3, AAV6, AAV6.2, AAV7, AAV8, AAV9, AAVrh10, AAV-DJ, AAV-DJ/8
膵臓	AAV1, AAV2, AAV6, AAV8, AAV9, AAVrh10
心臓	AAV1, AAV4, AAV5, AAV6, AAV8, AAV9, AAVrh10, AAV-DJ
腎臓	AAV2, AAV4, AAV8, AAV9, AAVrh10, AAV-DJ, AAV-DJ/8
脂肪	AAV6, AAV8, AAV9
精巣	AAV2, AAV9
脾臓	AAV-DJ, AAV-DJ/8
脊椎神経	AAV2-retro
内皮細胞	AAV2-QuadYF

当ベクターシステムに関する詳細な情報ついては下記の論文を参照してください

References	Topic
Methods in Enzy. 507:229-54 (2012)	Review of AAV virology and uses
Curr Opin Pharmacol. 24:59-67 (2015)	AAV use in gene therapy, and serotype differences

特長

当社のAAVベクターシステムはE.coliでの高コピー数複製、高タイターのウイルス作製、広範囲な細胞タイプへの高効率な導入および導入遺伝子の高い発現量を実現します。AAVベクターは高い安全性とパッケージング時にすべてのカプシドタンパク質の血清型を選択できるため、非常に高効率な遺伝子導入率を実現できます。

メリット

安全性: AAVは複製不能でありヒト疾患の原因とならないので、最も安全なウイルスベクターシステムです。

宿主ゲノムの損傷リスクが低い: 宿主細胞への導入後、AAVベクターはエピソームDNAとして細胞核内に維持されます。宿主ゲノムへの挿入が起こらないので癌化の原因となりうる宿主ゲノムの損傷リスクを減らすことができ、ヒトへのin vivo用途に適しています。

安定したノックダウン効果: AAVゲノムは核内でエピソームDNAとして維持され、U6プロモーターは恒久的にshRNAを発現します。そのため標的遺伝子のノックダウンは長期間にわたって安定しています。

高ウイルスタイター：当社のAAVベクターは高いタイターのウイルスを作製できます。当社のウイルス作製サービスを利用すれば10¹³ GC/ml(genome copy per ml)以上が可能です。

幅広い親和性：適切な血清型でウイルスを作製することによってヒト、マウス、ラットなど一般的に使用される哺乳類動物由来の幅広い細胞及び組織タイプに遺伝子を導入できます。ただし、血清型によっては遺伝子導入が難しい細胞タイプがあります。

In vitroとin vivoで有効：培養細胞と生体内の細胞に対しても使用できます。

デメリット

特定の細胞タイプへの遺伝子導入が困難：AVVベクターは適切な血清型を選択することで非増殖細胞を含む数多くの細胞タイプへの遺伝子導入が可能になります。それぞれの血清型は異なる組織親和性がありますが、どの血清型を使っても遺伝子導入が難しい細胞タイプも存在します。

安定したノックダウン効果: AAVゲノムは核内でエピソームDNAとして維持され、U6プロモーターは恒久的にshRNAを発現します。そのため標的遺伝子のノックダウンは長期間にわたって安定しています。しかしながら、これは実験目的に応じてメリットにもデメリットにもなります。例えば、いちど標的遺伝子がノックダウンされると再活性化することは非常に困難になります。

技術的な複雑さ：AVVベクターはパッケージング細胞によるウイルス作製とタイターの正確な計測などの操作が必要になります。従来のプラスミドを使った遺伝子導入と比べてこれらは高い技術の習熟が必要となり、時間もかかります。

基本コンポーネント

5' ITR: 5' inverted terminal repeat. 野生株の5' ITR と3' ITRは基本的に同じ配列を持つ。ウイルスゲノムの両端に逆向きに配置され、ウイルスゲノムの複製起点として機能する。

U6 promoter: ヒトU6 snRNAのプロモーター。RNAポリメラーゼIIIによってshRNAを高レベルで発現する。

Sense, Antisense: 標的配列から設計され、shRNAのヘアピン構造のステム部分を形成する。

Loop: shRNAのヘアピン構造のループ部分を形成するために最適化された配列。

Terminator: shRNAの転写を停止する。

CMV promoter: ヒトCMV immediate earlyプロモーター。マーカー遺伝子を普遍的に発現する。

Marker: 薬剤選択用遺伝子（ネオマイシン耐性など）や視覚化用遺伝子（EGFPなど）、もしくはデュアルレポーター遺伝子（EGFP/Neoなど）。ベクターが導入された細胞の薬剤選択もしくは可視化を可能にする。

SV40 late pA: SV40（Simian virus 40）のlateポリアデニレーションシグナル。上流マーカー遺伝子の転写を停止する。

3' ITR: 3' inverted terminal repeat。

Ampicillin: アンピシリン耐性遺伝子。　E.coliへのアンピシリン耐性によるプラスミドの維持を可能にする。

pUC ori: pUC複製起点。E.coliでプラスミドを高コピーで維持する。