VectorBuilderを使って自分のベクターをデザインする

ステップ1:

VectorBuilderのホームページ上からベクターをデザインするをクリックします。ベクターシステムを選ぶページが開きます。VectorBuilderから提供されている様々なベクターシステムがリストされています。次にご希望のベクターシステムの右にあるデザインするボタンをクリックします。例えば、哺乳類細胞株でレンチウイルスベクターに研究対象遺伝子をクローニングして発現させるなら、哺乳類遺伝子発現ベクターセクションに分類されているレンチウイルスの列右端に位置する、デザインするボタンをクリックします。

VectorBuilderが提供しているベクターシステムに関する詳細なテクニカルインフォメーションは、ガイドから読むことができます。

ステップ2:

デザインするボタンのクリックで、ベクターデザインスタジオのページが開きます。ここに選択したベクターシステムのマップが表示されます。マップ上には2種類のコンポーネントが現われます。1つはベクターを構成する重要なバックボーンコンポーネントとして固定されているため、ユーザーが変更できないコンポーネント。もう1種類はカスタムコンポーネントとしてユーザーが自由にバックボーンに付け加えることが出来るコンポーネントです。カスタムコンポーネントは選択形式で1つ1つマウスでクリックして付け加えます。遺伝子発現を調節するプロモーター、プロモーター下流にORF、そして薬剤耐性マーカーや可視化レポーターなども加えられます。コンポーネントはVectorBuilderが提供するシークエンスを使う場合と、ユーザー準備のシークエンスをコピー&ペーストのどちらでも加えられるようになっています。またORFを入れる際には、エピトープタグを追加するオプションや、ORFに変異を入れるオプションもあります。以下に便利な使い方を紹介します:

データベースからコンポーネントを選んでくる場合:VectorBuilderが提供するコンポーネントデータベースは次の2種類から成ります。1)よく使われるコンポーネント。VectorBuilder上にリストしています(例えば、プロモーターのCMV, EF1A やCAG)。2)遺伝子データベース。ORF, shRNA, gRNA用で遺伝子名と生物種からお望みの遺伝子をデータベースから検索して取り出せます。

例えば、ヒトBMP2遺伝子を発現させるレンチウイルスベクターを作る場合、ORFを選ぶのドロップダウンメニューからORFデータベースから選ぶを選択します。次の画面のRefSeq ORFに生物種、検索語を入れて検索ボタンをクリックします。検索結果として検索をかけた遺伝子のRefSeq Transcriptsの全てがリストされます。対象のORFを選択してベクターに追加します。ORFの変更も可能で、エピトープタグを付けたり、ORFに変異を入れたりする作業がこの段階で可能です。

よく使われるコンポーネントに関するテクニカルインフォメーションはベクター構成要素に関するガイドのページからご覧になれます。

ORF編集機能:ORFにエピトープタグを追加したり、ORFにポイントミューテーションを入れることができます。ORF編集機能は既にベクターにORFを入れてしまった後でも可能です。ベクターマップ上のORFの名前をクリックすると、ORFを編集ドロップダウンメニューが表れます。ここからシークエンスを編集するウインドウが開き、ユーザーがORFを自由に編集できます。シークエンス下にある、タグを追加ボタンをクリックすると、よく使われるタグセットがリストされ、N- または C-末端のどちらにでも追加することができます。また直接塩基配列をタイプ、消去の編集も可能です。VectorBuilderデータベースにあるコンポーネントから変更を加えた場合、全ての編集の記録が残されます。シークエンス編集のウインドウには、他にも便利な機能が準備されています。シークエンスをアミノ酸配列に翻訳する、ORFを見つける、また相補鎖のシークエンス(reverse-complementary strand sequence)を表示する機能です。

単一プロモーターの下流に複数のORFを入れる:発現ベクターのデザインでは、4種類までのORFを単一プロモーターの下流にポリシストロニックに配置することが可能です。複数のORFは1つの融合タンパク質として発現させることも、また、2AやIRESリンカーを使って個々のタンパク質として発現させることも可能です。ベクターデザインスタジオの上左端にある、ORF数を選択オプションからOFRの数を変更できます。ベクターマップ上に、対応する数のORFコンポーネントが現れます。

ステップ3:

ベクターのデザインが終了しました。デザインを終了ボタンをクリックするとベクター情報のページが開きます。ここではデザインしたベクターの全ての情報が記されたマップとシークエンスを確認できます。また、デザインしたベクターをショッピングカートに入れたり、ユーザーアカウントに保存したり、研究仲間と情報をシェアーすることができます。ベクター情報はパブリケーションクオリティーのグラフィックスを含むPDFフォーマットと、他のテキストエディターやベクターデザインソフトウエアー上でも使えるGenBankフォーマットでダウンロードできるようになっています。