“ベクター名称はどのように決定されますか?” で説明したように、個々の遺伝子単位のORFをデータベースから取り出すと、生物種の略称がORF名に組み込まれています。略称を次のテーブルに示します。
頻出種
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Human |
Homo sapiens |
9606 |
h |
Mouse |
Mus musculus |
10090 |
m |
Rat |
Rattus norvegicus |
10116 |
r |
哺乳類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Alpaca |
Vicugna pacos |
30538 |
vpa_ |
Armadillo |
Dasypus novemcinctus |
9361 |
dno_ |
Bushbaby |
Otolemur garnettii |
30611 |
oga_ |
Cat |
Felis catus |
9685 |
ct |
Chimpanzee |
Pan troglodytes |
9598 |
ch |
Cow |
Bos taurus |
9913 |
cw |
Dog |
Canis lupus familiaris |
9615 |
dg |
Dolphin |
Tursiops truncatus |
9739 |
ttr_ |
Elephant |
Loxodonta africana |
9785 |
laf_ |
Ferret |
Mustela putorius furo |
9669 |
mpu_ |
Gibbon |
Nomascus leucogenys |
61853 |
gi |
Gorilla |
Gorilla gorilla gorilla |
9595 |
go |
Guinea pig |
Cavia porcellus |
10141 |
cpo_ |
Hedgehog |
Erinaceus europaeus |
9365 |
eeu_ |
Horse |
Equus caballus |
9796 |
ho |
Hyrax |
Procavia capensis |
9813 |
pca_ |
Kangaroo rat |
Dipodomys ordii |
10020 |
dor_ |
Lesser hedgehog tenrec |
Echinops telfairi |
9371 |
ete_ |
Macaque |
Macaca mulatta |
9544 |
ma |
Marmoset |
Callithrix jacchus |
9483 |
cja_ |
Megabat |
Pteropus vampyrus |
132908 |
pva_ |
Microbat |
Myotis lucifugus |
59463 |
mlu_ |
Mouse lemur |
Microcebus murinus |
30608 |
mmu_ |
Olive baboon |
Papio anubis |
9555 |
pan_ |
Opossum |
Monodelphis domestica |
13616 |
mdo_ |
Orangutan |
Pongo abelii |
9601 |
or |
Panda |
Ailuropoda melanoleuca |
9646 |
pd |
Pig |
Sus scrofa |
9823 |
pg |
Pika |
Ochotona princeps |
9978 |
opr_ |
Rabbit |
Oryctolagus cuniculus |
9986 |
ra |
Platypus |
Ornithorhynchus anatinus |
9258 |
oan_ |
Sheep |
Ovis aries |
9940 |
sh |
Shrew |
Sorex araneus |
42254 |
sar_ |
Sloth |
Choloepus hoffmanni |
9358 |
cho_ |
Squirrel |
Ictidomys tridecemlineatus |
43179 |
sq |
Tasmanian devil |
Sarcophilus harrisii |
9305 |
sha_ |
Tree shrew |
Tupaia belangeri |
37347 |
tbe_ |
Vervet |
Chlorocebus sabaeus |
60711 |
ve |
Wallaby |
Macropus eugenii |
9315 |
meu_ |
鳥類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Chicken |
Gallus gallus |
9031 |
gga_ |
Duck |
Anas platyrhynchos |
8839 |
apl_ |
Flycatcher |
Ficedula albicollis |
59894 |
fal_ |
Turkey |
Meleagris gallopavo |
9103 |
mga_ |
Zebra finch |
Taeniopygia guttata |
59729 |
tgu_ |
爬虫類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Anole lizard |
Anolis carolinensis |
28377 |
aca_ |
Chinese softshell turtle |
Pelodiscus sinensis |
13735 |
psi_ |
Amazon molly |
Poecilia formosa |
48698 |
pfo_ |
両生類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Western clawed frog |
Xenopus tropicalis |
8364 |
xtr_ |
魚類
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Cave fish |
Astyanax mexicanus |
7994 |
ame_ |
Cod |
Gadus morhua |
8049 |
gmo_ |
Coelacanth |
Latimeria chalumnae |
7897 |
lch_ |
Fugu |
Takifugu rubripes |
31033 |
tru_ |
Lamprey |
Petromyzon marinus |
7757 |
pma_ |
Medaka |
Oryzias latipes |
8090 |
ola_ |
Platyfish |
Xiphophorus maculatus |
8083 |
xma_ |
Spotted gar |
Lepisosteus oculatus |
7918 |
loc_ |
Stickleback |
Gasterosteus aculeatus |
69293 |
gac_ |
Tetraodon |
Tetraodon nigroviridis |
99883 |
tni_ |
Tilapia |
Oreochromis niloticus |
8128 |
oni_ |
Zebrafish |
Danio rerio |
7955 |
dre_ |
ホヤ
一般名称 |
学名 |
動物分類ID |
VectorBuilder略称 |
Solitary sea squirt |
Ciona savignyi |
51511 |
csa_ |
Vase tunicate |
Ciona intestinalis |
7719 |
cin_ |
昆虫
一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
Fruitfly |
Drosophila melanogaster |
7227 |
dme_ |
植物
一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
Rice |
Oryza sativa |
4530 |
osa_ |
Thale cress |
Arabidopsis thaliana |
3702 |
ath_ |
酵母
一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
Baker's yeast |
Saccharomyces cerevisiae |
4932 |
sce_ |
Fission yeast |
Schizosaccharomyces pombe |
4896 |
spo_ |
バクテリア
一般名称 |
学名 |
分類ID |
VectorBuilder略称 |
Bacillus |
Bacillus subtilis |
1423 |
bsu_ |
E. coli |
Escherichia coli |
562 |
eco_ |